Mediante el discernimiento el Padre Arrupe aprendió a escuchar la voz de Dios desde el fondo de sí mismo. Se adentró en el apasionante camino de los EE de San Ignacio de Loyola, entrenándose en distinguir las consolaciones de las desolaciones y en vivir “como si presente se hallase”, en medio de los paisajes y junto a los personajes del Evangelio, de modo que Jesús comenzó a hacérsele familiar e íntimo. Esta actitud de buscar y discernir en cada momento la voluntad de Dios, de ser fiel a lo más profundo de uno mismo, de ser auténtico hasta las últimas consecuencias, será la clave espiritual de toda la vida de Pedro Arrupe.
Arrupe hacía vida lo que enseñaba, experimentaba la gracia de Dios a través de un discernimiento dinámico que lo transforma y que transmite a los demás; ´transformación´ que, como él mismo dice: “es el abandono de algo que somos nosotros mismos, nuestro antiguo yo con sus prejuicios, sus convicciones, sus actitudes, sus valores, sus maneras de pensar y de actuar demasiado humanas, demasiado mundanas; esos hábitos que han llegado a constituir una parte tan nuestra, que la sola idea de separarnos de ellos supone una verdadera agonía, cuando son precisamente ellos los que nos impiden interpretar con exactitud los signos de los tiempos, y ver la vida con sabiduría, en toda su plenitud.